典型的には、発熱や咳、膿性の痰が出現し、レントゲン写真で肺に異常な影が出現した場合に肺炎を疑います。ただし、クラミジアによる肺炎では、発熱や胸部の聴診所見に乏しく、咳だけが持続することもあります。
一方、レジオネラ肺炎などのように、腹痛や下痢、筋肉痛、倦怠感の後に高熱を伴って重症化する場合もあります。一般的に、非定形肺炎では、肺炎球菌などの細菌による「定型肺炎」に比べて、年齢が若い、基礎疾患が無いか軽い、痰が少ない、咳が強い、などの特徴を備えていることが多く、これらのことを参考にして両者を大まかに鑑別します。
一方で、高齢の方が肺炎を起こした場合、時に自覚症状や咳・発熱などの所見に乏しいことがあります。こうした場合には、呼吸や脈拍が早くなっていないか、食欲不振や脱水がないか、意識がしっかりしているかなどに注意をし、肺炎の存在をまず疑うことが大切です。
原因菌を決定するためには、喀痰をグラム染色したり、あるいは培養して、病原性のある細菌が検出された場合、臨床症状と照らし合わせて原因菌とします。
一方、口腔内には病原性の無い常在菌も住んでいるので、これらの菌が痰から検出されても、病的な意義はないと考えます。肺炎球菌やレジオネラは、肺から菌が血液の中に入って全身を巡ることが多いので、尿の中の抗原価を測定することが診断を確定するためにしばしば有用です。

臨床的には、患者さんの背景や症状、重症度に応じて細菌性肺炎か非定形肺炎かを類推し、それぞれに適切な抗菌薬（抗生物質）を投与します。ただし、原因菌は必ずしも一種類と決まっているわけではありません。
例えば、非定形肺炎を起こすクラミジアは、細菌性肺炎との混合感染を高率で起こすことが知られています。ウイルスによる肺炎の場合には、原則として抗菌薬（抗生物質）は無効なので、対症療法が主体となります。
しかし、臨床的にはウイルス性肺炎とそれ以外の病原菌による肺炎を区別することはしばしば困難なので（CT撮影をすれば区別できることもあります）、症状があってレントゲンで影がある場合には、ウイルス以外の病原体による肺炎の可能性を念頭において抗菌薬を投与します。逆に、咳だけで膿性の痰がなく、レントゲンでも異常な影が見つからない場合、ウイルス性の気管支炎の可能性が高いので、これだけでは原則として抗生物質は投与しません。
ただし、いわゆるハイリスクグループの患者さん（免疫抑制状態、著しい高齢、重症の肺の病気がすでにある人など）では、状況によってはウイルス感染に引き続いて二次性に細菌性肺炎を起こす可能性を疑い、抗生物質を投与することはあります。適応を見極めずに抗生物質を濫用するのがなぜ良くないかというと、そのことでその薬が効かない耐性菌を作りだす可能性が高まるからと考えられています。
治療を開始した場合、通常は数日から1週間後に診察し、身体所見と様々な検査所見を組み合わせて治療の効果を判定します。効果が不十分あるいは無効の時には、再度評価して抗生剤を変更あるいは追加して治療いたします。